Normalmente Debian corre en el runlevel 2 por defecto.

Esto quiere decir, que si entras en /etc/rc2.d/ encontraras allí una lista de todos los scripts que se ejecutan al arrancar el sistema. Si nos fijamos bien todos son enlaces simbólicos a archivos que se encuentran en /etc/init.d/ que es donde están todos los daemon ,es decir, todo lo que funciona independientemente y sin emitir en la Consola un mensaje para el usuario.

De modo que para ejecutar un script o programa al arranque del sistema, primero es necesario darle características de daemon y posteriormente crees un enlace simbolico de este daemon en la carpeta /etc/rc2.d/ de la siguiente forma:

1) Darle permiso de ejecución al script, abre un Terminal y en la carpeta donde se encuentra el script digita:

$ sudo chmod +x nombredetuscript

2) Copiarlo a la carpeta /etc/init.d/

$ sudo cp nombredetuscript /etc/init.d

3) Lo hacemos daemon, es decir que se ejecute al inicio de la sesión

$ sudo update-rc.d nombredetuscript defaults

Para borrar un script haríamos:

$ sudo update-rc.d miscript.sh remove

Esto borra únicamente los enlaces simbólicos, no el script; y siempre y cuando se haya borrado el script previamente. Si se quiere borrar los enlaces aunque no se haya borrado el script, hay que utilizar la opción -f (force):

$ sudo update-rc.d -f miscript.sh remove